PFA和PTFE的性质极度的类似，陆续的使用温度为260摄氏度，最低的温度在零下196摄氏度，他们的分歧在于PFA是能够进行熔融加工的，反之PTFE不能，这意味着PFA能够通过注塑成型、螺杆挤压的技术加工，PFA管的金属离子含量较低，在较高的温度下可能维持较强的机械强度和爆破压力，并且其化学纯度都切合FDA的要求。PTFE固体是一种疏水的资料，因而PTFE不会受到水分的影响，并且PTFE的摩擦系数较低，而PFA会更容易受到干湿交替环境下的影响，同时在耐盐雾侵蚀的方面，PFA的机能要优于PTFE/PFA的柔韧性和PTFE相比更好，尤其是在管路运输的方面，可能沉复折叠，但是渗入机能不如PTFE。

PFA的介电常数和PTFE一样，同时耗散系数也极度类似，而PFA的介电强度要高于PTFE。